Bờ biển đảo Nam Yết gồm các bãi cát vụn san hô nhẹ và xốp, không ổn định, thường thay đổi theo mùa gió tác động. Đảo được bao bọc bởi một thềm san hô ngập nước lan rộng từ 300 đến 1.000 m so với bờ đảo[4], và thậm chí thềm này mở rộng đến 2.000 m ở phía tây.[9] Độ phủ san hô ở các điểm rạn phía bắc là 58%, phía nam là 36%, trung bình cả vùng quanh đảo là 47,1 %.[6] Bãi cỏ biển có diện tích 10 ha gồm hai loài là cỏ bò biển (Thalassia hemprichii) và cỏ xoan (Halophila ovalis).[10]

Đảo này không có nước ngọt.[4] Lớp cát mặt và lớp đá vôi san hô không có khả năng giữ nước nên sau mỗi trận mưa thì nước sẽ ngấm dần ra biển.[11] Thảm thực vật trên đảo nghèo nàn nhưng hệ cây thân gỗ trên đảo phát triển khá tốt nhờ đất cát có trộn lẫn phân chim giúp rễ cây có điều kiện phát triển.[6] Các loại cây nước lợ như bàng vuông, bão táp, keo, mù u, phong ba, dừa và các loại cỏ dại, dây leo có thể mọc được.[4]

Kết quả thống kê của Đỗ Công Thung & ctg (2009) cho thấy đảo này có tổng cộng 58 loài thực vật trên cạn, 185 loài thực vật phù du, 141 loài động vật phù du, 225 loài sinh vật đáy, 298 loài san hô, 186 loài cá rạn san hô và 8 loài rùa biển và thú biển.[12]

Khu Bảo tồn biển Nam Yết

Ngày 26 tháng 5 năm 2010, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam ký Quyết định số 742/QĐ-TTg phê duyệt Quy hoạch hệ thống Khu Bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2020. Căn cứ theo phụ lục I "Danh sách các Khu Bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2015" đính kèm quyết định này thì Khu Bảo tồn biển Nam Yết sẽ được thành lập với tổng diện tích là 35.000 ha, trong đó diện tích biển là 20.000 ha.[13] Tháng 6 năm 2012, tổ chức Trung tâm Sách Kỷ lục Việt Nam - Vietkings đã xếp Khu Bảo tồn biển Nam Yết là Khu Bảo tồn biển lớn nhất Việt Nam.[9] Tháng 9 năm 2012, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam tuyên bố rằng vào năm 2013 thì họ mới bắt đầu lập quy hoạch chi tiết cho Khu Bảo tồn biển Nam Yết.[14]